19世紀以后，浩罕進入強盛時期，成為當時中亞三大汗國之一。隨著浩罕的強大和擴張，浩罕逐漸由清朝的藩屬變成了邊患，開始唆使、操縱甚至直接參與和卓后裔的叛亂活動。從嘉慶二十五年到道光六年(1820-1826)，張格爾在浩罕支持下，先后四次侵入天山南路。浩罕封建主表面上仍與清當局周旋，但在暗地里仍繼續支持張格爾滋事。道光五年春，張格爾一度表示要投誠，浩罕伯克曾寄信給張格爾，“勸其未可輕投，許以派兵相助”。面對日益緊張的邊界局勢，清當局并沒有清醒的估計，根本不相信浩罕敢于與“天朝”對抗。道光六年(1826)夏，張格爾伙同浩罕頭目愛薩由潛入境內，糾集同伙及白山派信徒，圍攻喀什噶爾城，清政府對南疆西四城周圍地區基本失去控制。張格爾久攻喀什噶爾漢城不下，擔心伊犁清軍援兵到，遂向浩罕求援，許諾“四城破，子女、玉帛共之，且割喀城酬勞”。浩罕邁買底里汗于是親率軍隊前來攻打喀什噶爾。張格爾本人及其所率浩罕兵和布魯特兵大肆殺、掠、淫、燒，遭到人民群眾的強烈反抗。清軍在當地人民的配合下，剿滅叛軍，活捉張格爾。

此時浩罕國力鼎盛，加緊東擴，不斷利用和卓后裔入侵清朝新疆。道光十年(1830)夏，浩罕邁買底里汗挾持張格爾之兄玉素普入侵清朝。玉素普本來流落在布哈拉當阿訇，他認為：“我上喀什噶爾去，連一個高粱馕都不值。”但邁買底里汗設計把他“請”到浩罕。浩罕的這次入侵，受到當地軍民的有力抗擊;布哈拉統治者又趁機攻打浩罕，逼使浩罕統治者倉皇撒軍，時值嚴冬，凍死多人。傀儡玉素普五個月后也死于浩罕。道光二十七年(1847)又發生了“七和卓之亂”。所謂“七和卓”即卡塔條勒、倭里罕、克齊克罕、塔瓦克爾、薩比爾罕、阿克恰干、伊善罕，均為玉素普的子侄輩。他們從浩罕出發，糾集了約千余騎兵，突入喀什噶爾地區。這是一伙貪財好色之徒，在所占地區燒殺擄掠，“這些受浩罕人包圍、沉溺于腐化墮落的和卓們，既不能贏得人們的愛戴，又不能威懾住當地人民”。在清軍的強大攻勢下，他們攜帶著掠奪得來的財物，脅迫廣大居民向浩罕逃跑。

咸豐年間(1851-1861)，和卓后裔在浩罕統治者支持下不斷竄犯中國西部邊陲，燒殺擄掠，無惡不作，激起人民深惡痛絕。但多為流寇式的騷擾，其中較大的一次為咸豐七年(1857)“倭里罕之亂”，它不僅得到浩罕統治者的支持，并且也被沙俄支持和利用，但是卻得不到當地人民的支持，不到四個月就在清軍進剿下又逃回浩罕。倭里罕幾次竄犯失敗，神經失常。

清朝統一西域后，和卓問題一直是西北邊疆地區不安定的主要因素。在浩罕唆使、操縱下，流亡在中亞的和卓后裔不斷發動入侵、叛亂，給當地人民生活和清朝邊疆建設帶來了沉重災難，但在清朝的堅決打擊下，均以失敗告終。和卓后裔的反叛活動很難說是“復辟”。這不僅是因為在天山南路未曾出現過一個和卓政權，而且這些和卓后裔的反叛活動也只是得到了塔里木盆地西部部分白山派信徒的響應，帶有明顯的教派色彩。雖然當時人民不滿于清朝的腐敗統治，出現過多種形式的反抗活動，但當和卓后裔從事反叛活動時，并未得到當地多數人民的擁戴，其支持者主要限于白山派信徒，而遭到了黑山派信徒的反對。和卓騷亂是浩罕封建主操縱、利用的結果，實質上是浩罕利用和卓入侵我國西北邊疆。

三、西北邊疆危機與新疆建省

1840年鴉片戰爭打破了傳統中國的“大一統”體系，清王朝統治下的中華帝國從此淪為西方列強入侵、掠奪的對象;一系列不平等條約迫使中國一步步淪為半殖民地半封建社會，屈辱地納入到近代國際關系的體系中。隨著列強入侵的日漸加劇，中國的主權和領土完整受到了極大損害，出現了嚴重的邊疆危機。

(一)阿古柏入侵與西北邊疆危機

當英法列強以船堅炮利打開了清朝海防大門的時候，沙俄侵略者則從東北和西北兩個方向對我邊疆領土蠶食鯨吞。俄國覬覦中國領土由來已久，早在17世紀已侵入中國北方邊疆地區，遭到了邊疆各民族及清朝政府的有力抵抗。19世紀以后，隨著近代工業的發展，沙俄加緊了對外擴張和侵略，由西伯利亞南下哈薩克草原，積極向中亞諸汗國和中國擴張，侵入了中國巴爾喀什湖以東以南地區。鴉片戰爭后，沙俄在對中國東北邊境加緊侵略的同時，對西北邊疆展開了全面的、大規模的侵略活動，先后逼迫清朝政府簽訂了《中俄伊犁塔爾巴通商章程》、《中俄北京條約》、《中俄勘分西北界約記》及相關子約等一系列不平等條約，強行割占了巴爾喀什湖以東以南的44萬平方公里的中國領土，并獲取了大量政治、經濟特權。

俄國的南下政策及其在中亞的擴張與英國在亞洲的殖民利益相沖突。在沙俄南侵中亞及清朝西北的同時，英國也從印度北上，占領阿富汗，染指中亞和新疆事務，在這一地區與俄國相角逐。

同治三年(1864)，在全國各地風起云涌的農民起義的推動下，新疆爆發了反清大起義，烽火燃遍天山南北，清政府對新疆大部分地區失去控制。但起義領導權很快落入當地封建貴族、宗教上層人士手中，農民起義演變為“圣戰”旗號下的封建割據混戰。喀什噶爾情況尤為復雜，各派勢力都想占據回城。布魯特頭目思的克竟遣人往浩罕迎請流亡在那里的和卓后裔，企圖借助白山派和卓后裔的宗教影響，達到自己控制喀什噶爾目的。

當時俄軍已攻占浩罕的奇姆肯特，兵臨塔什干城下，浩罕已面臨亡國的危險，但其統治者仍不愿放過對南疆侵略的機會。浩罕攝政毛拉阿里木庫里找來匿居浩罕的張格爾之子布察魯克，宣布任命布素魯克為喀什噶爾的汗，但所有軍事、行政、司法等一切權力均由浩罕軍官阿古柏執掌，布素魯克不得干預;又命令布素魯克對此立下誓約。阿古柏并非貴胄，但在浩罕不穩定的政局中善于應變投機，地位不斷上升，成為有實力的軍官。他在浩罕搜羅了一批歹徒，組成自己的親隨，于同治三年十二月(1865年1月)擁布素魯克侵入新疆。思的克把布素魯克迎進喀什噶爾回城，但對阿古柏不請自到極為不滿。不久，思的克與阿古柏反目，兵戎相見。阿古柏獲勝，控制了喀什噶爾;思的克兵敗出亡。阿古柏竊居喀什噶爾回城，以此為根據地，逐一擊破南疆其他割據勢力，控制了新疆大半地區。

在阿古柏侵入南疆初期，曾擁立布素魯克和卓來爭取廣大白山派信徒的支持，擴大影響，壯大實力。但當他在這一地區站穩腳跟后，就把布素魯克軟禁于英吉沙爾，旋又以“朝覲”名義，把他驅逐出境。這位和卓其終不詳。另一個和卓倭里罕也被阿古柏秘密處死。這表明，到19世紀60年代，曾在西域歷史舞臺上發揮重要影響的和卓家族宗教勢力，不僅在實際上而且在名義上完全消失其作用;對外國侵略者來說，他們連作傀儡的價值也沒有了。于是阿古柏自封為“巴達吾來特阿孜”(意為“洪福之王”)，建立所謂“哲德沙爾”(意為“七城”)國。阿古柏政權的高級官員如米爾扎、米爾扎巴什、阿奇木及各駐地司令官、派遣軍指揮官，絕大多數是外來者、浩罕汗國人，因此“把阿古柏政權斷定為維吾爾族的政權是有困難的”。作為入侵者的阿古柏出于其統治的需要，在新疆地區大肆修建清真寺等宗教建筑，掀起狂熱的宗教情緒，造成了伊斯蘭文明繁榮的假象。俄國史料揭露，阿古柏政權的支柱是“從浩罕、塔什干、布哈拉、甚至是從印度和阿富汗逃亡來的壞蛋”。維吾爾語察合臺文獻則把阿古柏匪幫稱作“安集延壞蛋”，“縱馬于大街小巷，不分青紅皂白地亂砍亂殺，天明之前男女老幼全部讓屠殺了”。

新疆動亂與阿古柏入侵為俄、英侵略新疆提供了可乘之機。新疆反清暴動發生后，沙俄密切關注事態發展，向清朝伊犁地區步步進逼，于同治十年(1871)以防御俄國邊境被侵擾為名，公然出兵新疆，武裝侵占了伊犁地區。在阿古柏入侵新疆后不久，沙俄擊破浩罕，奪取其北方領土，使沙俄與清朝的邊境線延伸到南疆。阿古柏為換取沙俄的承認，與沙俄達成非正式協議，約定雙方互不干涉對方行動，并允許對方各有入境追捕逃犯的權利。同治十一年(1872)，阿古柏更與沙俄訂立了《俄國與喀什噶爾條約》，俄承認阿古柏為“哲德沙爾”君主，俄商獲得了在此地經商、設置貿易代表等特權。沙俄企圖通過阿古柏侵入南疆，進而達到其侵占全新疆的目的。

這一時期，沙俄加緊了對中亞三汗國的征服，英、俄在中亞的角逐日趨激烈。隨著英國于是企圖通過扶持阿古柏政權，在新疆建立一個獨立于清朝的“伊斯蘭國家”，使其成為俄國與英屬印度的“緩沖國”，并從這一地區攫取巨大的政治、經濟利益。新疆成為英、俄侵略者爭奪的焦點。而阿古柏也迫切希望得到英俄兩國對他侵占新疆的承認與支持。阿古柏與英國殖民者的勾結更加緊密。阿古柏多次派人到印度和英國，請求英印當局和英國女王的承認與支持。英國乘機加緊對新疆地區的侵略，多次派遺使團往喀什噶爾，給阿古柏大量武器裝備和物資援助。同治十三年(1874)，英國與阿古柏簽訂《英國與喀什噶爾條約》，規定英國承認阿古柏為喀什噶爾與葉爾羌的艾米爾，阿古柏則給予英國更優于俄國的特權，即允許英國在喀什噶爾設“大使”、“領事”，并可以“置產”。

阿古柏入侵、沙俄對伊犁的侵占，以及英、俄在新疆的角逐，使這一地區局勢日益惡化。中國國土淪喪，主權損失，新疆陷入日漸嚴重的危機之中。

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