蒙古族無文字，成吉思汗時曾一度使用維吾爾字頭拼寫的蒙文，但有諸多不便。為此，闊端曾受命薩迦班欽創制新蒙古字，但終未完成。其后闊端與薩迦班欽相繼去世。1253年，忽必烈征鄂州后，班師返回途經六盤山時，邀請時年19歲的八思巴召見，送至平開供養。

1256年，吐蕃黑帽派高僧噶瑪拔喜，應蒙哥汗詔，赴漠北帝都哈剌和林謁見蒙哥汗，賜其金邊僧帽和金印。并命他“繼續增補薩迦班欽所造之蒙古新字，但亦未使其完善。”但亦未能完成創制蒙古新字。

1260年忽必烈在開平（上都）即元朝開國皇帝大位，隨即尊八思巴為國師，授其“灌頂國師”玉印。同年命八思巴返藏，繼續研制蒙古字。1269年，八思巴研創蒙古字成功，前往大都（北京）覲見忽必烈帝。據《續藏史鑒》載：“字成上之，帝大悅，遂始賜僧人統國之權”。 封他為“帝師”，并受“大寶法王”印，將吐蕃地方和13萬戶藏民，封賞他統轄。從此，于“1270年，忽必烈將所稱紅帽系的喇嘛僧人扶上了西藏的寶座，獲得蒙古人支持和保護的薩迦政權從此開始”

1276年，八思巴再次返藏，執掌吐蕃法王兼治理吐蕃地區行政王，成為吐蕃最高宗教和政權首腦。從此確立了吐蕃政教合一的統治地位，并鞏固了吐蕃地區為元朝大統一的隸轄版圖。從八思巴受封“帝師”，至元朝滅亡，吐蕃（西藏）高僧受封蒙古皇帝“帝師”者，多達成15人以上。蒙古歷代帝王尊奉喇嘛教，建立起“師尊與弟子”關系，成為其維護對蒙藏人民有效統治工具。并以此為紐帶形成蒙藏文化、宗教的密切關系。

西藏喇嘛教各派之間的斗爭，在不同歷史時期，占據的統治地位，是與中原王朝政治統治者對其的支持與否，具有密切關系。1368年，自朱明王朝建立后，仍沿襲元朝治理吐蕃的舊制，極力支持帕竹噶舉派，從此噶舉派政權在吐蕃歷史舞臺上，占居了統治地位。

1409年（明永樂七年），宗喀巴在拉薩創建格魯派（黃教），主持祈愿大會，并興建噶丹寺“以安眾僧”，成為格魯派的創始人。其后明成祖派欽差來藏迎請他赴京傳法，因辭未去。當派遣其大弟子絳青曲結代表他前往北京，明成祖國即封他為“大慈法王”。其后明宣宗又封他為“國師”。此后他赴蒙古等地傳揚黃教，“是黃教傳布內地之始”。

1416年，宗喀巴的弟子嘉祥曲結尊師之命，在拉薩東郊建立哲蚌寺。1419年，降青曲結，在宗喀巴圓寂之年，又在拉薩北郊興建色拉寺。同期，在西藏各大寺木刻印刷《宗喀巴大師文集》、《薩迦五祖文集》等著作和經卷，廣泛流通于蒙藏地區的各個寺院。這對喇嘛教格魯派在蒙古地區發展和促進蒙、藏文化交流，起到了積極的作用。

此后，喇嘛教的經典著作《大藏經》等，在蒙古各地寺院普遍收藏、翻譯，成為蒙古喇嘛僧眾誦讀的必修課程。同時，佛教文化、哲學等，通過各寺院的喇嘛群體，成為向蒙古社會傳播宗教知識、文化的重要途徑。

二、俺答汗等與格魯派首領的關系 1480年，成吉思汗十五世孫孛爾只斤·巴圖蒙克被選立為北元的大汗，稱達延汗（時稱小王子）。在其妻滿都海哈屯輔佐下，擊敗瓦剌部，統一了漠南蒙古諸部。并分封其諸子為左、右兩翼，各領三萬戶領主。

1507年，達延汗之孫俺答汗（亦稱阿勒坦汗）為控制蒙古右翼土默特部的萬戶首領。其勢力強大后， 迫使左翼萬戶首領察哈爾部林丹汗遷往遼東邊外。1550年（嘉靖二十九年），淹答汗率大軍兵臨北京城下，脅求明朝政府開宣府、大同等地馬市。后又要求開延綏、寧夏、甘肅等近邊馬市11處。

1559年，俺答汗率兵進入青海。1566年，俺答汗與鄂爾多斯部庫克臺徹辰洪臺吉率兵攻占西藏安多地區，并派遺代表與西藏佛教首領接觸，“勸其歸順，共同供奉佛教；若不歸順，即以兵戎相見。”西藏宗教首領，協商后決定歸順蒙古。并派遺高僧勒爾根、阿斯多克·賽音班第和阿斯多克、瓦齊爾·托邁·桑噶斯巴三人隨同庫圖克徹辰洪臺吉來蒙古傳教。從此，俺答汗與西藏格魯派建立了聯系。

1571年，俺答汗接受明朝封“順義王”爵，同年，西藏高僧阿辛喇嘛來會見俺答汗，規勸他皈依佛教，敬奉三寶。其三寶者：“即佛、法、僧，信佛者不拜其他諸天；信圣法者不殺人害命；信僧者不信異教旁門。”并將喇嘛教的六字真經和教義，示于俺答汗、鐘根哈敦為首的蒙古眾人。又向俺答汗建議：“若如先圣鞠躬盡粹薛禪汗（忽必烈）、八思巴喇嘛二人一般，建立施行政治、宗教并行之制時，（如）西土我圖伯特（吐蕃）孟克（指拉薩）地方。”俺答汗聽了他講解的喇嘛教的教義后，頗受其感化。從此，蒙古大汗與喇嘛教格魯派建立了密切關系。

1577年（萬歷五年），西藏薩迦寺喇嘛索南嘉錯（即三世達賴），應淹答汗邀請前往青海傳法講經。并在青海宗喀巴誕生地一座塔旁，命杜瓦曲結沙嘉錯喇嘛興建寺廟，取名藏貢札倉（即塔爾寺）。

1578年，淹答汗以年暮，厭兵，改尊奉喇嘛教，在青海湖東之察布齊勒雅地方興建了仰華寺。又派遣鄂爾多斯之徹辰洪臺吉、土默特之達延諾延為首之三千人眾，迎請賴索南嘉錯前來仰華寺供養。1580年，索南嘉錯應邀抵達仰華寺，俺答汗與其會晤，并”獻幣帛珠寶駝馬無數算“ 。索南嘉錯向俺答汗宣講佛教教義，勸其戒殺行善，廢止蒙古貴族的夫死妻殉等惡習。“俺答感其化，令蒙人皆奉佛教，持戒誦經，月齋三日，禁止殺牲漁獵”。索南嘉錯贈俺答汗以“咱克喇瓦爾第徹辰汗”（梵語意為：轉金輪王）尊號；當即俺答汗回贈索南嘉錯：“圣識一切瓦齊爾達喇賴達喇嘛”尊號，自始“達賴喇嘛”之稱號被確定。不久，俺答汗返歸化城（今呼和浩特）興建錫勒圖召，供奉索南嘉錯達賴喇嘛，并請他向蒙古民眾傳播佛法。

繼淹答汗之后，蒙古各部封建領主，竟相效法引進喇嘛教，以鞏固其政治統治地位。在蒙古首領帶頭尊奉佛教影響下，西藏喇嘛教在蒙古地方廣為傳播，達賴喇嘛之名亦遍及蒙古各地。

1588年，索南嘉錯（達賴喇嘛），應明神宗邀請赴北京講經，同年二月二十六日，在赴京途中圓寂。

1589年正月初一日，三世達賴的化身，于土默特部臺吉徹辰曲庫爾（亦名蘇彌爾，即淹答汗之子）之王妃巴堪珠拉“如白蓮出污泥而不染，不染胎衣穢污脫胎而生。”靈童誕生時，“出現了許多令人驚異的征兆”。

1602年，西藏三大寺尊照索南嘉錯臨終時的遺囑，派遣代表前來內蒙古地方訪尋在達賴的（化身）轉世靈童，認定云丹嘉錯為3世達賴轉世靈童，迎請入藏。先于藏北熱振寺舉行坐床典禮，然后迎入哲蚌寺學經、受沙彌戒。1607年，云丹嘉錯赴札什倫布寺，向四世班禪羅桑曲結求法，拜班禪為師。1616年，四世達賴云丹嘉錯在哲蚌寺圓寂，時年28歲。

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