2005年，日本政府表示，計劃從美國購買PAC-3導彈兩年，然后開始部署在日本許可生產的PAC-3導彈。PAC-3導彈防御系統是美國最先進的低層、陸基彈道導彈防御系統。此外，這是一種“具有遠程、中高空、全天候能力的導彈系統，用于對付戰術彈道導彈（戰區戰略導彈）、巡航導彈和先進飛機。”PAC-3導彈比PAC-2導彈更先進，因為它配備了超過12枚攔截彈，使用“擊中并摧毀”技術，并具有彈載雷達發射器和制導計算機。圖3顯示了部署在日本的PAC-3導彈火力單元的位置。該圖還顯示了火力單元的組成部分。
圖3 日本PAC-3導彈火力單元的位置。來源：日本防衛省網站
日本彈道導彈防御項目的另一個標志性特點是“標準-3”導彈的采購。日本2007年第一次測試配備“標準-3”導彈的“宙斯盾”彈道導彈防御系統。據洛克希德-馬丁公司稱，“宙斯盾”彈道導彈防御系統是美國導彈防御系統的主要海基組成部分。通過先進的指揮與控制系統，“宙斯盾”彈道導彈防御系統無縫集成了SPY-1雷達、MK41垂直發射系統和“標準-3導彈”。配備“宙斯盾”彈道導彈防御系統的巡洋艦的機動性使其能夠在來襲導彈的上升段、中段和下降段進行攔截，并且為彈道導彈防御系統的其他組成部分提供監視情報支援。目前，日本配備“宙斯盾”彈道導彈防御系統的軍艦使用“宙斯盾彈道導彈防御3.6.1”/ “標準-3 Block1A”（Aegis BMD 3.6.1/SM-3 Block 1A）系統。“宙斯盾彈道導彈防御4.0.X”/ “標準-3 lock1B”（Aegis BMD 4.0.X/SM-3 Block 1B）導彈系統預計2015年部署。美國已經測試了該系統，并將很快開始部署。一旦美國完成在其艦隊部署該系統，該系統將成為日本艦隊的升級系統。“宙斯盾彈道導彈防御5.1”/“標準-3 Block 2A”（Aegis BMD 5.1/SM-3 Block 2A）系統預計2018年部署。
“標準-3”導彈將作為安裝在某些巡洋艦上的“宙斯盾”海基彈道導彈防御系統的一部分。“標準-3”導彈能夠使用“擊中并摧毀”技術在末段近距離攔截中程彈道導彈。“標準-3”導彈的研制計劃原來分為四個階段，但是，美國2013年3月宣布取消被稱為“Block2B”的研制最后階段。
美國在日本的彈道導彈防御資產
從20世紀90年代開始，美國和日本都非常重視軍事合作。自此，“在日本的前沿部署部隊使美國能夠維護在該地區重要的經濟和戰略利益，包括保持對日本的安全承諾……”。1997年制定的《美日防務合作指針》擴展了1960年簽署的《美日安保條約》。其目的是“為正常情況下，日本受到武裝攻擊時和日本周邊事態發生時更有效和更可靠的美日合作奠定堅實的基礎”。正是通過上述條約和指針，美國才能夠與日本在多個領域如此緊密地合作。
2006年6月，美國部署了一部前沿部署的X波段雷達，FBX-T雷達到位于日本車力的附屬空軍基地。這部雷達2007年調整部署到美國設在車力的通信站。2006年8月，“夏伊洛”號導彈巡洋艦被派往橫須賀海軍基地。7月，美國在位于沖繩的嘉手納空軍基地部署了一個PAC-3導彈營，并于同年12月投入使用。
《美日防務合作指針》于1997年被批準，確立了兩國之間的合作框架。從那時起，聯合作戰得到了持續的改善。2004年12月，日本《防衛計劃大綱》修改后，又提出了新的《中期防衛計劃》。此外，美國和日本是根據框架諒解備忘錄（MOU）行動的，該備忘錄“規定了彈道導彈防御能力研發合作的一般條款，涵蓋了各種項目的情報交流，聯合研究和開發以及系統分析”。不同于美國與韓國達成協議，日本保持了對其彈道導彈防御部隊的完全控制權，一旦符合應急響應程序指南的所有要求，防衛大臣有權下令對彈道導彈采取“摧毀性措施”。
日本的導彈防御系統合作
據說，“美日同盟和美國在日本的軍事存在是東亞50多年安全、穩定和繁榮的基礎”。在導彈防御方面，在1998年朝鮮發射導彈之后，日本開始就新的導彈防御系統與美國合作。日本最初參與的是與“海軍全戰區”（NTW）的合作項目。1998年12月，在朝鮮的“大浦洞-1導彈”飛越日本3個月之后，美日兩國政府簽署了關于“海軍全戰區戰區彈道導彈防御系統聯合技術研究”的諒解備忘錄。由于日本憲法第九條禁止日本的進攻性軍事活動，日本政府宣稱，與美國進行的導彈防御系統合作將主要是防御，不會針對其他國家。此外，“合作分為三個階段：任何武器系統的研究、開發和采購/部署”。
然而，在當時的首相小泉純一郎“宣布日本將購買和部署導彈防御能力，并繼續參加美國導彈防御系統的開發”之后，日本官方加大了參與的力度。根據“海軍全戰區”合作項目，美國和日本開始合作開發“標準M-3”導彈第三個階段的產品，“標準-3”Block 2A。Block 1A和Block2A導彈之間的差別在于，Block 2A導彈全長上的直徑都是21英寸，而不是像Block 1導彈助推器的直徑為21英寸，其余長度上的直徑為13.5英寸。據說，將Block 2A導彈全長上的直徑都加大到直徑21英寸，將為火箭燃料提供更多的空間，并可以“使導彈的燃盡飛行速度（推進段燒盡時達到的最大速度）比Block 1A/1B大45％至60％”。此外，其被稱為“全直徑圓筒”的形狀也將“提供更大的射程、速度和安裝更靈敏的傳感器和計算機的空間”。
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