普京仍然能夠干預軍隊和幫助沙馬諾夫。2000年11月，普京總統盡所能使沙馬諾夫成為烏里揚諾夫斯克州州長。這并不是沙馬諾夫非常喜歡的職位。正如他后來所說的那樣，“我發現自己擔任烏里揚諾夫斯克州州長，有點違背了我的意愿。”

沙馬諾夫并不是一名成功的州長，這一點也不令人感到奇怪。他被指責試圖像管理一個團那樣管理這個州。2004年，他創下了支持率僅有3%的紀錄。之后，他在2004年11月被提升為當時的總理米哈伊爾?弗拉德科夫（Mikhail Fradkov）的助理，為軍人的社會福利問題提供意見。2006年，他成為了俄羅斯國防部長謝爾蓋?伊萬諾夫（Sergei Ivanov）同一領域的顧問。因為沙馬諾夫曾經同總理和國防部長一起工作過，所以他能夠獲得寶貴的政治經驗。

沙馬諾夫在俄羅斯國防部工作期間，美國總統喬治?布什曾經于2007年3月在總統辦公室接見了他。這次會面引起了當時民事權利活動家的驚愕。之后，也許是為了表露其仇外傾向，沙馬諾夫把美國比作納粹德國。

盡管弗拉基米爾?沙馬諾夫過去劣績斑斑，但是還是于2007年11月被總統令召回軍隊。他被授予作戰訓練總局局長（Director of Combat Training）的重要職位。顯然，普京將沙馬諾夫召回軍隊會對新任命的國防部長安納托利?謝爾久科夫（Anatoliy Serdyukov）有幫助。謝爾久科夫是一名文職官員，之前擔任俄羅斯聯邦稅務局局長，那時他遇到了意料之外的麻煩，其試圖推進的改革計劃受到保守將領們相當大程度的反對，特別是總參謀部中的將軍們。沙馬諾夫被召回軍隊，現在看來，為實現謝爾久科夫預期的改革增加了一些力量。

沙馬諾夫的軍隊復職似乎是前蘇聯解體后，俄羅斯高級軍官退役后再返回軍隊的第一個特例。這也表明普京是多么的看重他。以普京的觀點看，讓沙馬諾夫返回軍隊是非常合理的。沙馬諾夫是值得信賴的參加過車臣戰爭的將領中一位，他們幫助普京獲得總統的權力。授予沙馬諾夫這樣一個有權力的軍內職位，不僅會有助于謝爾久科夫，而且無疑會使沙馬諾夫繼續忠于普京。當然，沙馬諾夫不受俄羅斯軍隊主流的歡迎。主要原因有幾條：他不是一名參加過阿富汗戰爭的老兵；他的許多劣績；他在車臣戰爭中的殘暴記錄以及他事實上來自空降兵部隊（而不是主流的地面部隊）的背景。他對普京的價值就在于此。在這種情況下，存在著軍民關系方面的典型分而治之：政治家選擇了軍事人物（沙馬諾夫）擔任高級指揮職位，其權力基礎主要來自任命他的人（普京），而不是來自軍事組織本身。像沙馬諾夫這樣的軍官，因為他們獲得高級職位是因為政治領導人的支持，而不是他們在軍隊中地位，所以他們易受影響：政客家可以操縱他們。反過來，沙馬諾夫掌握權力——但是權力不只是來自政治支持。當這個政權受到媒體導致的公眾歡迎，他獲得了推動本人及支持他的政客希望發生的軍內改革的個人能力。于是，利用這種合作伙伴關系，相當重大的改革就可以實現。

當沙馬諾夫于2009年5月被任命空降兵部隊司令（另一項政治決定）時，這篇文章提到的相同邏輯同樣適用。因為是一位沒有參加過阿富汗的空降兵部隊司令，沙馬諾夫即使在自己的組織內部仍然一定程度上是一個局外人——所以他仍然尋求政治領導人的支持，而不是組織內的支持。

沙馬諾夫仍然是一名受公眾歡迎的軍事人物。當然，因為其輕率之舉，他的不好名聲可能不會對其擔任空降兵司令有太大影響。如前文已經提到的，人們希望由具有一點“個性”的人來領導俄羅斯聯邦的突擊部隊：這支充滿激情、不講條件的具有決定性作用的空降兵部隊。俄羅斯的新聞媒體——相當大篇幅報道軍事問題的媒體——一直在大肆渲染這種形象。它們往往通過和俄羅斯軍隊內部其他效率低下、反應遲鈍且普遍不稱職的部隊進行對比，以突出空降兵部隊的效率和強大。有影響力的軍事報紙“紅星報”（Krasnaya Zvezda）更是不斷地贊美沙馬諾夫。因此，這位空降兵領導人被描繪成其極少過錯是可以被理解的實干家。

但是即使沙馬諾夫擔任了空降兵部隊司令一職，仍然繼續存在對其的爭議。2009年10月，為妨礙警方調查犯罪，他下令將空降兵部隊一個班的軍人（第45獨立偵察團的特種兵）派往其女婿擁有的一家公司。他的女婿被指控謀殺。沙馬諾夫有關這個班的電話命令被一份報紙記錄下來。然而，盡管受到官方譴責，但是沙馬諾夫仍然沒有失去職位。他有強有力的朋友。這種伙伴關系歷久彌堅。

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