沙馬諾夫后來離開第76師到伏龍芝參謀學院學習，并于1989年畢業。1990年，他成為駐扎在基什尼奧夫的第98空降師第300團（現駐扎在摩爾多瓦首都基希訥烏）的副團長。這個團的團長是科爾?馬科夫上校（后來也成為空降兵部隊司令）。有人指出，沙馬諾夫在第98師并不成功，主要是因為他不是一名參加過阿富汗戰爭的老兵。盡管如此，他還在1991年再次得到提升，成為現已解散的第104師第328團的團長。雖然在這個崗位上，他還是申請到久負盛名的伏龍芝總參學院的學習。然而，他的上司沒有批準其調動，沙馬諾夫一拳打在其上司的臉上！

在1994年的第一次車臣戰爭期間，沙馬諾夫是第7空降師的參謀長。1995年3月，仍然是在車臣，沙馬諾夫被任命為該師內部的一支作戰特遣部隊的負責人。當沙馬諾夫在這個崗位上時，因其手下部隊于1995年10月在相鄰的印古什共和國執行軍事行動，他受到指控。在這里他的部隊誤以為斯列普托夫斯克（Sleptovsk）機場已經被叛軍占領，乘直升機降落后，發起了立即生效的攻擊。他們在交戰中的胡亂射擊，導致一名出租車司機死亡。隨后的俄羅斯國家杜馬大赦，撤銷了對沙馬諾夫的指控。

沙馬諾夫的下一次提升使其離開了空降兵部隊，也是在1995年10月，他成為車臣部隊的副司令，同時兼任北高加索軍區（North Caucasus Military District）第58集團軍的副軍長。

沙馬諾夫的好運在繼續，最終于1996年7月被派往總參學院學習。他在隨后的一段時間不在車臣意味著他避免了被羞辱——不像其他許多軍官那樣——在1996年8月簽訂“哈薩維尤爾特協議”（Khasavyurt Accord）后，俄羅斯軍隊尷尬地撤出車臣大部分地區。葉利欽不顧軍隊中許多人的愿意，已經與車臣人談妥了這項協議。

沙馬諾夫于1998年從伏龍芝參謀學院畢業，然后被任命莫斯科軍區（Moscow Military District）的第20集團軍參謀長兼副軍長。然而，他幾乎馬上就被派往高加索，再次成為第58集團軍軍長兼北高加索聯邦軍隊聯合分遣部隊西部軍團指揮官。后來，他擔任整個聯合分遣部隊的指揮官。

沙馬諾夫取得的最大成績是作為主要指揮官籌劃了1999-2000年的第二次車臣戰爭,與第一次車臣戰爭沖突相比，這場戰爭更加迅速和猛烈地粉碎了車臣反對派武裝。這次1999年重新進行的車臣戰爭迎合了軍隊內部許多想要報復車臣人和挽回1996年撤軍屈辱的人員。同樣，這場戰爭也令參加此次軍事勝利后隨即進行的總統選舉的普京感到滿意。普京在1999年擔任總理，一直是再次到車臣作戰的主要政治提議者。事實上，這次新的戰爭如此迅速的結束，給普京帶來巨大的政治影響力，足以確保其輕易在2000年的總統選舉中獲勝。因此，這位新總統非常感謝沙馬諾夫。這位將軍還受到其他方面的稱贊，并繼續沉浸在一致好評中。

沙馬諾夫軍事意義上的聲譽在于，他被看成在車臣實際完成這項工作的將領。沙馬諾夫的作戰方法存在問題，在交戰中他傾向于火力占到絕對優勢，不顧戰斗人員和非戰斗人員間的任何區別。然而，沙馬諾夫似乎并沒有因其方法造成平民傷亡而受到過分關注。在他看來，戰爭就是戰爭——無論這場戰爭是常規戰爭，還是反游擊戰爭，他的作戰方法都是一樣的。

沙馬諾夫在車臣的作戰哲學肯定不會得到某些軍人的贊同。沙馬諾夫的上級根納季?特羅舍夫（Gennadiy Troshev）上將，負責指揮俄羅斯國防部在車臣的軍團，斥責沙馬諾夫野蠻和過度使用武力。特羅舍夫此前指揮第一次車臣戰爭的東部軍團，并且有意識地避免沙馬諾夫首選的不分青紅皂白的襲擊。但是特羅舍夫的做法導致了第一次車臣戰爭代價巨大的拖延，而沙馬諾夫用自己的辦法避免了在第二次車臣戰爭中再次出現這種拖延。

俄羅斯其他高級軍官也反對沙馬諾夫的做法。普京總統的顧問阿斯蘭別克?阿斯拉哈諾夫（Aslanbek Aslakhanov）大將稱沙馬諾夫為“屠夫”。當沙馬諾夫那時的上級——北高加索軍區司令維克多?卡贊采夫（Viktor Kazantsev）上將試圖限制他時，收到答復：“這不用你教我！”

此外，據稱沙馬諾夫同1999年車臣阿爾卡漢-約特（Alkhan-Yurt）的俄羅斯軍隊大屠殺有關系（然而沙馬諾夫因這次行動實際上獲得了俄羅斯聯邦英雄獎章）。沙馬諾夫在接受女記者安娜?波利特科夫斯卡婭（Anna Politkovskaya, 后來被謀殺）采訪時說，“視好戰分子的妻子和子女像他們的丈夫和父親一樣，同樣為匪徒，我對有人可能看法不同而感到驚訝?！鄙绸R諾夫后來還毫無顧忌地支持尤里?布達諾夫（Yuriy Budanov）上校，這名軍官因犯下扼殺一名車臣女孩的斯臭名昭著罪行而被判有罪。此外，歐洲人權法院（European Court of Human Rights）一直認為，沙馬諾夫應對非常嚴重的侵犯人權行為負責任。諾貝爾和平獎得主物理學家安德烈?薩哈羅夫（Andrei Sakharov）也指控沙馬諾夫具有嚴重的仇外傾向。

因此，沙馬諾夫并不是天使，也不是權力的趨炎附勢者。他似乎并不關心戰爭造成的人員傷亡，無論敵人還是非戰斗人員，甚至是其自己的人員。他也似乎更喜歡使用壓倒性的火力，而不是更加微妙的實現軍事成功的方法。他是一個負有某些嚴重戰爭罪行的人。這就是弗拉基米爾?沙馬諾夫“豐富多彩”的過去。盡管沙馬諾夫因其在車臣的行為獲得普遍指責，但是他一直受到對其感激的普京的保護。沙馬諾夫已經取得了基本上使普京登上總統寶座的成果。但是，即使是普京，其權力也有局限性，并不總是能夠保護他的將領。例如，2000年8月，俄羅斯軍隊高層努力用自己的方式迫使沙馬諾夫提前退役。因為“健康原因”，沙馬諾夫正式離開車臣和軍隊。

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