蔣介石的設(shè)想，甚至受到伊寧政權(quán)中務(wù)實(shí)派的激賞，并基本上體現(xiàn)在由張治中與阿合買提江等人簽訂的《中央政府代表與新疆暴動(dòng)區(qū)域人民代表之間以和平方式解決武裝沖突之條款》（簡(jiǎn)稱《和平條款》）之上。依《和平條款》暨“附文”（一）之規(guī)定，新疆成立聯(lián)合省政府。省府主席由張治中兼任，兩名副主席包爾汗和阿合買提江都是突厥語(yǔ)穆斯林；在由國(guó)民黨與伊寧政權(quán)共組的新疆聯(lián)合省政府的正式組成結(jié)構(gòu)中，各廳局長(zhǎng)和省府高階職位，都指派了新疆不同族群、不同政治背景的人士擔(dān)任；在省府、地方各級(jí)行政機(jī)構(gòu)中，半數(shù)左右的職位都延用各非漢人士。在南疆聘用公務(wù)人員時(shí)，張治中甚至實(shí)行漢人與非漢人分別占30%和70%的比例；中央行政、立法機(jī)構(gòu)中也為新疆非漢民族人士保留了相當(dāng)比例的職缺。忠實(shí)貫徹蔣介石意旨的張治中，明確體認(rèn)到新疆族群議題的重要，他寫道：“漢人僅占新疆人口的5%，為什么不能把政治權(quán)力移交給占人口95%的維吾爾人和其它民族呢？”
《和平條款》的內(nèi)容，顯示蔣介石對(duì)“中華民族宗族論”做了權(quán)宜的修正，將促進(jìn)邊疆非漢人權(quán)益，當(dāng)作處理迫在眉睫的族群沖突與國(guó)家分裂危機(jī)的新處方。而國(guó)民政府開(kāi)始采用某些混合了西方和蘇聯(lián)因素的民族平等和民主政治手法，在一定程度上改變了中國(guó)傳統(tǒng)的治邊政策。國(guó)民政府有意擴(kuò)大土著民族的政治參與和政治權(quán)利，形成具實(shí)踐意義的“三民主義治邊政策”的新形態(tài)。
《和平條款》規(guī)定，“政府給予新疆人民選舉彼等相信之當(dāng)?shù)厝耸繛樾姓倮糁x舉權(quán)”；保障宗教信仰自由；國(guó)家行政與司法機(jī)關(guān)文書，漢文與維吾爾文并用，人民呈送政府機(jī)關(guān)文書，可單獨(dú)使用其本族文字；中小學(xué)得使用本族語(yǔ)文施教；政府保障民族文化和藝術(shù)的自由發(fā)展；人民享有出版、集會(huì)、結(jié)社與言論自由。《和平條款》之“附文”（二）甚至規(guī)定，準(zhǔn)許新疆土著民族組織民族軍隊(duì)；而民族軍隊(duì)員額之補(bǔ)充，亦悉數(shù)來(lái)自本地民族。
國(guó)民政府在《和平條款》暨兩件附文中作出重大政治讓步，所要換取的只是伊寧當(dāng)局承認(rèn)自己是“中國(guó)人”的口頭宣示。
面對(duì)與伊寧政權(quán)的政治競(jìng)爭(zhēng)，國(guó)民政府相當(dāng)忠實(shí)地履行了《和平條款》所約定的內(nèi)容。在民主施政上，由張治中與新疆省府秘書長(zhǎng)劉孟純、民政廳長(zhǎng)王曾善、迪化市長(zhǎng)屈武、外交特派員劉澤榮共同擬定的《新疆省政府施政綱領(lǐng)》，成為與伊寧政權(quán)進(jìn)行政治競(jìng)爭(zhēng)的武器。1946年7月18日，新疆聯(lián)合省政府第二次委員會(huì)議通過(guò)“施政綱領(lǐng)”共85條，其主旨是在國(guó)家統(tǒng)一、民主政治、民族團(tuán)結(jié)的基礎(chǔ)上，建設(shè)三民主義的新新疆。親蘇的伊寧政權(quán)迅即體認(rèn)到蔣介石、張治中政策中包含的西方政治的影子，轉(zhuǎn)而公開(kāi)批判張氏的“施政綱領(lǐng)”。
在“施政綱領(lǐng)”之下，新疆第一次體驗(yàn)了帶有西方色彩的地方自治。1946年9月間，省聯(lián)合政府完成全省范圍內(nèi)的選舉委員會(huì)組織章程，成立由省方、伊方與公正人士組成的赴各專員公署的監(jiān)選小組，為表示公正，各專署專員與副專員均不入選本專署監(jiān)選小組。伊寧方面所控制的伊寧、塔城、阿山（今阿爾泰）三區(qū)，則拒絕奉行選舉辦法，也拒絕監(jiān)選小組監(jiān)選。10月間，省聯(lián)合政府派往阿山的第6監(jiān)選小組途經(jīng)額敏時(shí)，時(shí)任迪化專署副專員的哈薩克族人士涂禹則（Turkstan Nur Bai）與克斌全（Kamal Beg）等人，被親伊方的民眾毆斃。同期，其他專署在選舉問(wèn)題上也發(fā)生了由伊方策動(dòng)、規(guī)模不等的暴力事件。同年10月至12月間，全省各縣縣長(zhǎng)及省參議員選舉工作完成，當(dāng)選結(jié)果出爐，親伊方人士在伊犁、塔城、阿山、喀什等地區(qū)取得多數(shù)縣長(zhǎng)與省參議員席位；在莎車、和闐、阿克蘇等區(qū)，則以親國(guó)民政府當(dāng)選比例居多；若僅以縣長(zhǎng)計(jì)，則除漢人人口比例較高的綏來(lái)、阜康、鎮(zhèn)西和哈密、阿克蘇、焉耆、和闐等共7個(gè)縣外，其余各縣均由伊寧方面支持的人選當(dāng)選。
伊寧方面透過(guò)“施政綱領(lǐng)”之下，省政府的人事任命和縣長(zhǎng)、省參議員全面選舉，將勢(shì)力范圍擴(kuò)展到南疆，但選舉結(jié)果揭曉后，伊方對(duì)于未能全面掌控阿克蘇、和闐、莎車的結(jié)局并不滿意。
1946年11月，新疆省派出包括伊寧方面的阿合買提江和阿巴索夫等7人在內(nèi)的18名國(guó)大代表，赴南京出席國(guó)民大會(huì)。大會(huì)舉行期間，阿合買提江等人提出《請(qǐng)?jiān)谥腥A民國(guó)內(nèi)將新疆改為“東突厥斯坦共和國(guó)”并給予高度自治案》。張治中擔(dān)憂，若此案在討論時(shí)徑遭否決，必然引發(fā)伊寧方面的激烈反彈，因而特別致電南京，闡述蔣介石對(duì)新疆問(wèn)題的認(rèn)知和處理新疆民族問(wèn)題的原則，建議他們對(duì)伊寧的代表盡量疏導(dǎo)勸解。
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